Wie jedes Medikament hat auch Modafinil Nebenwirkungen. Leichte Kopfschmerzen am Ende des Tages werden von einigen Anwendern am häufigsten genannt (> 1 von 10), gefolgt von Mundtrockenheit, vermindertem Appetit, leicht beschleunigter Herzfrequenz und Einschlafstörungen. Weniger häufige Nebenwirkungen (> 1 von 100) sind: Angstsymptome, Magen-Darm-Beschwerden wie Übelkeit oder Verstopfung, Schwindel, Herzklopfen. Teilnehmer an medizinischen Studien stuften diese Nebenwirkungen häufig als leicht und kontrolliert ein. Die Beschwerden verschwinden oft schon nach wenigen Stunden. Eine gesunde Ernährung und viel Wasser während des Gebrauchs beugen Kopfschmerzen vor. Wenn die Nebenwirkungen störend sind, sollte die Dosis reduziert werden.
